L’église Sainte-Agathe fait partie du diocèse d’Uzès avant la Révolution française. La population de Saint-Chaptes étant à majorité protestante, l’église est, selon la bibliographie, détruite durant les conflits religieux. Elle n’est reconstruite qu’à la fin du XVIIe siècle par les seigneurs de Brueys puis incendiée par les révoltes camisardes en 1702.
L’église est érigée en succursale le 6 juin 1805 et en cure de seconde classe en 1846. Des restaurations dont nous ne connaissons pas le détail sont effectuées en 1824 avec une aide de 200 francs accordée par le gouvernement. Entre 1853 et 1855, l’architecte Maurice Bègue intervient pour restaurer la toiture, les enduits, réaliser des boiseries dans le chœur et paver les chapelles ainsi que la sacristie (en asphalte). Le chantier s’élevant à 1452,79 francs est réalisé par l’entrepreneur Valette, menuisier.
