Après son érection en collégiale par le pape Eugène IV en 1442, l'église primitive est augmentée de plusieurs chapelles dans la seconde moitié du 15e siècle, selon J.-P. Suau (1993) qui notait cependant que l'étude archéologique de l'édifice restait valide.£En 1518, Antoine de Baderon, seigneur de Saint-Sernin, fait son testament et fonde une chapelle ""dédiée à Notre-Dame-de-Pitié dans l'église de Saint-Sernin, où ses restes seront transférés quand elle sera construite..."" (P. Foulquier-Lavergne, p. 110-111).£La fenêtre d'une chapelle est surmontée, à l'extérieur, d'un personnage tenant un écu sur lequel est gravée la date 1646 suivie d'un R, relief qui a été intégré après-coup dans la maçonnerie.