La construction de l'édifice s'étend de la seconde moitié du 12e siècle jusqu'à la fin du 15e siècle. La partie la plus ancienne du château se compose d'une enceinte polygonale irrégulière en bordure d'un petit plateau rocheux. Quelques meurtrières longues et intérieurement ébrasées sous des arcs en plein cintre, situeraient la construction vers le milieu du 12e siècle. L'objectif de ce fort devait être la surveillance du débouché des chemins entre le Narbonnais et le Roussillon par le détour du col d'Extrême ou du ruisseau de Nouvelles. De 1240 à 1250, Aguilar devait être aux mains du roi. Il est rendu à Olivier de Termes en 1250, après qu'il se fut illustré en Terre sainte. En 1260, la forteresse retourna dans le giron royal et reçut les aménagements nécessaires à son rôle de place forte à la frontière du royaume. En 1525, le château tombe aux mains d'une armée espagnole et allemande. Il est probable que l'édifice fut alors démantelé et non remis en état, Le fortin primitif ainsi que la petite chapelle appartiennent à la première période de construction (seconde moitié du 12e siècle). La construction des tours et de l'enceinte extérieure peut avoir eu lieu après l'acquisition royale de 1260. Une autre campagne plus tardive est visible par deux vestiges : une casemate à voûte biaise appareillée et une tour carrée accolée au nord du réduit. Ces deux additions présentent quelques caractères du 15e siècle et remontent sans doute à la période des remises en état des fortifications du Languedoc, après la cession du Roussillon à l'Espagne, en 1493,