Aujourd'hui placée dans le cimetière, le long de l'ancienne route allant de Pamiers à Saint-Jean-du-Falga, cette église a été bâtie en bordure d'Ariège à une centaine de mètres de la rivière. Isolée, elle est placée à l'écart des hameaux. A l'ouest, la parcelle est bordée par un canal d'irrigation appartenant au chapitre de Pamiers et qui prenait l'eau dans l'Ariège au moyen d'une petite chaussée encore très nettement visible sur les photographies aériennes en 1960 et par un grand champ toujours dénommé ""Champs de l'Eglise"". L'église est dénommée à l'origine Saint-Jean-del-Vernet puis au 14e siècle, Saint-Sernin-del-Vernet. En effet, la commune de Saint-Jean-du-Falga n'est créée qu'à la Révolution, auparavant, ce territoire portait alors le nom de Saint-Jean-del-Vernet et faisait partie intégrante du terroir appaméen. L'église date probablement du 12e siècle et présente les caractéristiques des églises romanes du territoire : chaînages d'angle, encadrement de baies et contreforts en pierre de taille, abside semi-circulaire, maçonnerie de galets en opus spicatum. Il faut noter une absence totale de décor lapidaire contrastant avec la chapelle du Mas-Vieux-Saint-Antonin située à Pamiers, à deux kilomètres plus au nord à vol d'oiseau. L'église de Bénagues, village située sur la berge opposée de l'Ariège, est dite dans les sources, ""annexe"" de l'église de Saint-Jean-du-Falga. Endommagée lors des Guerres de Religions, l'église est rénovée à la fin du 17e siècle. Elle est notamment ornée de peintures monumentales dans le choeur et l'abside, peintures portant la mention ""fait par Jean Soun peintre de Verdun en Foix"" et datée de 1657 ou 1697 (voir notice IM09000032). La chapelle est à nouveau rénovée en 1776 (surélévation du mur-pignon, création d'un clocheton et percement de la porte sud). Cependant, en 1890, une nouvelle église est construite au coeur du nouveau village et prend rapidement le titre d'église paroissiale. En 1926, l'église Saint-Jean est fermée définitivement. En 1986, elle est inscrite Monument historique alors que les peintures étaient classées Monument historique au titre des objets depuis 1984.